邓建军（1964.04.08-），强流脉冲加速器专家。江西吉安市人。1985年毕业于北京工业学院，2003年获清华大学博士学位。现任中国工程物理研究院流体物理研究所总工程师，曾任该所所长。
我国强流脉冲加速器主要技术带头人之一，主持研制成功世界第一台兆赫兹多脉冲高功率加速器、国内首台超高功率脉冲加速器，为我国强流脉冲加速器技术走进世界前列及核武器研制做出了突出贡献。获国家科技进步一等奖3项、省部级一等奖4项及“求是杰出青年科技奖”等，首批入选“国家百千万人才工程”，被评为国防科技工业有突出贡献的中青年专家、首届国防科技工业十大创新人物、四川十大杰出青年。主编专著一部，发表论文200余篇。
2017年当选为中国工程院院士。